关于JCR(JournalCitationreports，期刊引用报告)期刊分区有两种广泛影响:一种是Thomsonreuters公司制定的分区(中文一般翻译成汤森路透分区)；二是中国科学院国家科学图书馆制定的分区(以下简称中国科学院分区)。这两种分区方是基于SCI收录期刊的影响因素。
汤森路透每年出版一份《期刊引用报告》(JournalCitationreports，简称JCR)。JCR统计了86000多种SCI期刊的影响因素(ImpactFactor)。JCR将期刊分为176个不同学科。
根据期刊的影响因素，各学科的分类平均分为Q1.Q2.Q3和Q4四个区:各学科分类中影响因子前25%(含25%)的期刊分为Q1区，前25%~50%(含50%)为Q2区，前50%~75%(含75%)为Q3区，后75%为Q4区。唐森路透分区期刊数量均匀分为四部分。
中科院首先将JCR中所有期刊分为数学、物理、化学、生物、地学、天文、工程技术、医学、环境科学、农林科学、社会科学、管理科学及综合性期刊13 大类。然后，将13大类期刊分各自为4 个等级，即4 个区。
按照各类期刊影响因子划分，前5% 为该类1 区、6% ～ 20% 为2 区、21% ～ 50% 为3 区，其余的为4 区。显然在中科院的分区中，1区和2区杂志很少，杂志质量相对也高，基本都是本领域的顶级期刊。中科院分区中四个区的期刊数量是从1区到4区呈金字塔状分布。
中科院期刊分区表常用1-4区，且分区前常用大类或者小类，常用说法为某本期刊在大类某学科为某区。而汤森路透期刊分区常用Q1-Q4(Q表示Quartile in Category)，即4个等级中所处的位置，常用说法为某本期刊位于某学科的Q几。期刊Nature的2014的JCR等级情况：期刊Nature位于MULTIDISCIPLINARY SCIENCES学科的Q1。
两者最大的不同在于分区方法。在中科院期刊分区表中，主要参考3年平均IF作为学术影响力，最终每个分区的期刊累积学术影响力是相同的，各区的期刊数量由高到底呈金字塔式分布;在JCR的Journal Ranking中，主要参考当年IF，最终每个分区的期刊数量是均分的。
在国内，大部分高校和科研单位都采用中科院的分区，有些单位有自己定制的分区。显然中科院的1区和2区杂志很少，杂志质量相对也高，基本都是本领域的顶级期刊。由于汤森路透期刊分区中Q1范围的期刊数量多于中科院分区表中的1区期刊，所以有的人发表的论文按汤森路透期刊分区标准算一区，而按中科院分区算2区甚至三区。
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