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若论文查重中发现脚注或注释部分存在重复，可以采取以下几种方式进行处理：
1.删除重复内容：如果脚注或注释部分与其他文献或资源存在重复，可以考虑删除其中一部分或全部重复内容。保留必要的引用和注释，但不要重复引用相同的内容。
2.更改引用方式：如果引用的内容相同，但引用方式或参考文献的引用序号不同，可以考虑对其中一处进行更改，以避免重复问题。
3.修改引用格式：如果论文中的脚注或注释使用了不同的引文格式，并且查重结果显示有重复，可以考虑将其统一为相同的引文格式。
4.增加注解或解释：如果脚注或注释部分与其他文献相似但又不完全相同，可以在文中进行注释或解释，说明差异或进行比较分析。
无论采取哪种处理方式，都需要确保论文的引用和注释符合学术规范，并在脚注或注释部分正确标注引用来源。同时，还需要注意避免过度引用和直接复制他人的内容，保持论文的原创性和学术诚信。
此外，建议在编辑和排版论文之前，先进行查重，以确保论文中的引文和注释没有重复或不规范的问题。查重工具可以帮助作者发现并解决论文中的相似度和重复引用问题。
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