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如果SCI发表的论文在查重时超出了期刊的相似度限制，可能会导致以下几种情况：
1.需要进行修改：期刊可能会要求作者对论文进行修改以减少相似度，通常是要求通过删除或重写重复的内容、适当修改引用的方式来实现。作者需要根据期刊的建议和要求对论文进行相应的修改。
2.拒稿或要求撤回：某些严格的期刊可能会拒绝发表该论文，或要求作者撤回已经投稿的论文，这是因为超过相似度限制会影响论文的原创性和独立性，不符合期刊的发表标准。
3.可能会受到学术不端的指控：如果论文的相似度超过了可接受的限度，可能会被认定为学术不端行为，例如抄袭或剽窃，进而受到学术界的谴责和处罚，包括撤销已发表的论文、禁止发表期限、学术信誉受损等。
因此，为了确保SCI发表的论文通过查重，作者应该在写作过程中注重保持独立思考和原创性，并遵守引用规范，合理使用引用和参考文献，避免过度依赖他人的研究或文字。及时使用专业的查重工具对论文进行自检，确保不超出期刊的相似度限制，以保证论文的合规性和学术诚信。
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