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写一篇自己发表的SCI可以当做硕士论文是完全可以的，但是需要注意的是以下几点：
首先，发表的SCI论文需要是自己在导师的指导下独立完成的研究成果，不能存在抄袭、剽窃等学术不端行为。如果论文存在争议或者争议较大，那么在硕士论文中引用时需要注明来源并给出适当的解释。
其次，SCI论文的研究内容需要与硕士论文的研究方向和内容保持一致。也就是说，论文的研究背景、研究问题、研究方法、研究结果和讨论等部分都需要符合硕士论文的要求和规范。如果存在较大的差异，需要进行相应的调整和修改，以保证论文的整体质量和符合规范。
第三，硕士论文需要进行严格的三审三校制度，需要反复修改和完善。如果自己的SCI论文在格式、语言表达、引用等方面存在一些问题，需要在导师的指导下进行修改和调整，以确保论文的质量和规范。
最后，需要注意引用规范的遵守。在撰写硕士论文时，需要遵守相关引用的规范，比如DOI、ISBN等数字引用的规范，以及参考文献的格式和要求等。如果不遵守引用规范，可能会导致论文被退回或者无法通过审核。
综上所述，自己的SCI论文可以作为硕士论文的参考和借鉴，但是需要注意以上几点问题，并在导师的指导下进行修改和完善，以确保论文的质量和规范。同时，也需要注重文献的搜集和整理工作，以保证论文研究的全面性和深入性。
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